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国家植物种质资源库位于国家植物园（北园）西侧，总占地面积6万平方米，总建筑面积1.1万平方米。遵循“广泛收集、科学保存、深入研究、永续利用”的方针，规划收集来自世界范围内的植物种质资源7万种，实现中国珍稀濒危植物全覆盖。保藏植物资源类型包括植物种子、试管苗、DNA、植物活植株、花粉和孢子、植物组织、器官、植物微生物等。同时，建设自动化库、手动库、超低温保存库，种质数据信息管理区、珍稀濒危植物示范区、科学研究区、游客展览展陈区等区域，集收集储藏、研究利用、科普展示、国际交流等功能于一体。

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