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国家植物种质资源库建有种质资源收集处理区，包括种子清理、种子计数、X光质量检测、保存入库、萌发试验、标本鉴定等。收集到的种子经过处理后将来到种子保藏区，对种子进行干燥后，通过零下20摄氏度低温保存，种子保存期限能达到上百年。一些特殊的植物种质资源将被储存在零下196摄氏度液氮中，实现超低温长期保存。对不适合通过种子库保存的植物资源，将在试管苗处理区开展组织培养。在遗传物质处理区将植物DNA长期保存在零下80摄氏度超低温设备里，用于重要功能研究。

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