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鹦鹉嘴龙化石样本研究表明其存在两层皮肤，与现生爬行动物的表皮层和角质层相似，但与现生鸟类的皮肤截然不同。论文作者还发现了保存下来的黑色素体(皮肤色素的残余)，可能表明皮肤彩色图案区域和现生爬行动物鳞片覆盖区域一致。这些发现支持了一个假说，即鹦鹉嘴龙在其身体部分区域保留了其祖先有鳞的爬行动物皮肤，没有羽毛，而现代鸟类皮肤的特征只出现在它身体的有羽区域。

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