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在实验室二期内进行的研究，早已不局限于暗物质。如今，清华大学中微子、生态环境部・北师大联合实验、华西深地医学、工信部电子五所等10个项目组进驻，既开展暗物质、中微子、核天体物理等最前沿课题实验，也在深地岩体力学、深地医学等方面进行研究。

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