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在实验室二期内进行的研究，早已不局限于暗物质。如今，清华大学中微子、生态环境部・北师大联合实验、华西深地医学、工信部电子五所等10个项目组进驻，既开展暗物质、中微子、核天体物理等最前沿课题实验，也在深地岩体力学、深地医学等方面进行研究。
遗憾的是，目前人类并没有真正探测到暗物质。“暗物质研究被认为是21世纪最重大的前沿物理问题之一，暗物质被喻为‘笼罩在21世纪物理学天空中的乌云’。探索暗物质，相当于在乌云中寻找一束光。”清华大学工程物理系教授、CDEX暗物质实验负责人岳骞对记者说。
另一方面，还要探寻生命起源的分子密码。厦门大学等高校院所的科研团队利用空间站长期微重力环境，开展“蛋白与核酸共起源及密码子起源的分子进化研究”项目，从分子水平上探究基本生化反应对微重力环境的响应特点，将为生命的化学起源中蛋白核酸共起源理论体系提供重要的科学依据。
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